1347 ließen der Stadtrichter und Münzmeister Urban Gundacker und seine Frau Plektraud mit kirchlicher Genehmigung eine Kapelle im Neumarkt erbauen und statteten sie mit einer jährlichen Rente aus. Sie wurde dem Heiligen Geist und der Gottesmutter geweiht. 1358 gründeten sie das Heilig-Geist-Spital für 13 arme, arbeitsunfähige Männer, darunter drei Priester.
Bald entstand die heutige Kirche, die 1445 durch eine Stiftung stark erweitert wurde. Charakteristisch sind ihre Zweischiffigkeit und großen Fenster. Später erhielt sie eine barocke Ausstattung, im 19. Jahrhundert wurde sie neugotisch umgestaltet.
Nach weiteren Umbauten im 20. Jahrhundert diente die Kirche lange als Schul- und Andachtsraum. 1989 fand der letzte Gottesdienst statt, 1999 wurde sie profaniert und wird heute als Veranstaltungsraum für kulturelle Ausstellungen sowie private Feiern genutzt.
