Die Kirche ist benannt nach Stephanus, einem der ersten Diakone und dem ersten christlicher Märtyrer. Ihre Ursprünge reichen bis ins 12. Jahrhundert: Das Kirchenschiff, der Chorbogen und der romanische Eingang (heute Zugang zum Turm) stammen aus dieser Zeit. 1498 wurde die Apsis durch einen Chorraum im Stil der Gotik mit Kreuzrippengewölbe ersetzt. Auch die kleinen Buntglasfenstern an der Spitze der gotischen Fenster wurden Ende des 15. Jahrhunderts eingebaut.
Von 1653 bis 1910 war St. Stephanus Simultankirche: Evangelische und Katholiken nutzten die Kirche gemeinsam. Das Simultaneum bestand bis 1910: Die alte Pfarrkirche St. Stephanus ging gegen eine Ablöse in den alleinigen Besitz der evangelischen Gemeinde über.
Nach dem Ende Simultaneums 1910 kamen unter anderem ein neuer Altar und eine neue Kanzel mit Jugendstilelementen in das Gotteshaus. Der Barockaltar war der katholischen Gemeinde zugesprochen worden, die Barockkanzel wurde an die katholische Gemeinde verkauft.
Nach dem 2. Weltkrieg fertigte der Nürnberger Kirchen- und Kunstmaler Georg Konrad Kraemer die dekorativen Malereien an den Emporen, ebenso die Bildnisse der Diakone an der Kanzelbrüstung sowie die Malereien am Taufstein und an der Orgelrückwand. 2019 wurde die Stephanuskirche aufwändig renoviert. Sie liegt an der Route 3 des Simultankirchen-Radweges.
